现实中有很多股东经常恶意使用股东查账权损害公司利益，怎么能限制他们查账呢？

严格地从法律角度来讲，是不能限制股东查账权的，但你可以让他查不上。
因为股东行使查账权，要求查阅公司会计账簿是有法定程序的，

首先它必须得向公司提出书面申请，公司认为股东查账的目的不良的话，他可以直接拒绝股东查阅，拒绝以后呢，被拒绝的股东只能通过诉讼的方式去查阅了，而一旦进入了司法程序，那就意味着漫长的审理期限，从一审到二审没有半年根本下不来，很多怀有不良目的的股东，在案件审理过程中也就不闹腾啦。